Το πρόβλημα της μόνιμης στέγασης της Υπηρεσίας και του Αρχείου σε κατάλληλες εγκαταστάσεις επιλύθηκε μερικώς στα τέλη του 1996, όταν μετά από διάφορες περιπέτειες η ΔΔΕΑΜ μεταστεγάζεται από τα γραφεία της Πλατείας Καρύτση στο κτήριο της οδού Αγίων Ασωμάτων 11. Τα καινούργια γραφεία και οι μεγάλοι χώροι δίνουν τη δυνατότητα να αναπτυχθούν νέα προγράμματα και δραστηριότητες.
Το ακίνητο, μαζί με άλλα στο ίδιο και σε όμορα οικοδομικά τετράγωνα, είχε αρχικά απαλλοτριωθεί τη δεκαετία του 1970 για την επέκταση της ανασκαφής του αρχαίου Κεραμεικού. Ωστόσο, οι εποχές και οι προτεραιότητες αλλάζουν και πολλά από τα κτίρια που προορίζονταν για κατεδάφιση, μεταξύ των οποίων και αυτό της Ασωμάτων, κρίνονται διατηρητέα και διασώζονται. Το 1993, στην έκθεση αυτοψίας της Διεύθυνσης Πολιτιστικών Κτιρίων και Αναστηλώσεως Νεωτέρων Μνημείων, το κτήριο περιγράφεται ως τετραώροφο με υπόγειο στην όψη και 5ο όροφο σε εσοχή, χαρακτηριστική πολυγωνική κάτοψη με παράγωνους χώρους και πολύ ενδιαφέρουσα πρόσοψη με νεοκλασσικά μορφολογικά στοιχεία χωρίς συμμετρία στα κουφώματα. Τονίζεται επίσης η μικτή κατασκευή του, δηλαδή φέρουσα τοιχοποιία από λιθοδομή και οπλισμένο σκυρόδεμα στο κλιμακοστάσιο και στα δάπεδα. Στη συνέχεια, κατόπιν της ομόφωνης γνωμοδότησης του ΚΣΝΜ, εκδίδεται η Υπουργική Απόφαση με την οποία το κτήριο της Αγ. Ασωμάτων 11 χαρακτηρίζεται ως έργο τέχνης, διότι είναι ένα από τα πρώτα πολυώροφα κτίρια της Ελλάδας, με αξιόλογα νεοκλασικά στοιχεία στην όψη ( ΦΕΚ 254/Β/8-4-1994). Το κτήριο μετασκευάζεται αρχικά για μουσειακή χρήση, αλλά το σχέδιο για την ίδρυση “Μουσείου Μητέρας” δεν προχωρά και έτσι παραχωρείται στη ΔΑΜΔ. Σε αυτό, εκτός από τα γραφεία, μεταφέρεται και μέρος του Αρχείου της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας.
Από την ίδρυσή της το 1834, η Αρχαιολογική Υπηρεσία, που αρχικά λειτούργησε ως Γραφείο Αρχαιοτήτων στο Υπουργείο Εκκλησιαστικών και Δημοσίας Εκπαιδεύσεως, δημιούργησε ένα πλούσιο αρχείο εγγράφων, σχεδίων και φωτογραφιών, τα οποία αποτελούν πολυτιμώτατα τεκμήρια όχι μόνον για την αρχαιολογική, αλλά και για την ιστορική έρευνα. Η έρευνα και η επιστημονική εκμετάλλευση αυτού του πλουσίου υλικού παρέμενε για δεκαετίες desideratum των αρχαιολογούντων στην Ελλάδα καθώς, λόγω των διαδοχικών αλλαγών και «μετακομίσεων» της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, για πολλά έτη παρέμενε απρόσιτο στους μελετητές. Για να αναφερθούμε μόνο στις «μετακομίσεις» στα νεώτερα χρόνια, το 1958 η Αρχαιολογική Υπηρεσία με την υπαγωγή της στο Υπουργείο Προεδρίας της Κυβερνήσεως μεταφέρθηκε στα προσκτίσματα του Βυζαντινού Μουσείου (εκεί όπου βρίσκεται σήμερα το Πολεμικό Μουσείο). Το 1971 με την ίδρυση του Υπουργείου Πολιτισμού μεταφέρθηκε στην Οδό Αριστείδου 12, ενώ το παλαιό αρχείο της στα υπόγεια του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου (ΕΑΜ).
Σε υπόμνημα του 1978 η Ευαγγελία Δεϊλάκη αναφέρεται στις κακές συνθήκες φύλαξης του στα υπόγεια του ΕΑΜ, σε μια αίθουσα ανεπαρκή που έχει κοινή είσοδο με τις αποθήκες των αγγείων, γεγονός που καθιστά αδύνατη την εργασία και επεξεργασία του. Το 1981 το ανενεργό αρχείο της Γενικής Διευθύνσεως Αρχαιοτήτων και Αναστηλώσεως (ΓΔΔΑ) του Υπουργείου Προεδρίας παραδίδεται για φύλαξη στην Αρχαιολογική Εταιρεία και στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο. Με βάση το πρωτόκολλο παράδοσης και παραλαβής παραχωρήθηκαν «προς φύλαξιν επί παρακαταθήκη» 273 ή 277 χάρτινα κιβώτια και φάκελοι. Το 1988 πραγματοποιείται η πρώτη αυτοψία εκ μέρους της ΔΑΜΔ στο ανενεργό αρχείο της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, που βρισκόταν σε υπόγειους χώρους και σε διαδρόμους του ΕΑΜ Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου. Βρέθηκαν και ταυτίστηκαν 160 από τα 273/277 αρχικά κιβώτια μέσα σε τρεις ξύλινες ντουλάπες. Στην αναφορά της αυτοψίας περιγράφεται ότι τα κουτιά ήταν σε άσχημες συνθήκες διατήρησης, σε μερικές περιπτώσεις εντελώς διαλυμένα, οι ενδείξεις σβησμένες και το υλικό διασκορπισμένο.
Μολονότι το κτήριο της Ασωμάτων 11 δεν είναι κατάλληλο για τη στέγαση και φύλαξη ευαίσθητων αρχείων, το 1997 μπορεί να θεωρηθεί ως η απαρχή της εκπλήρωσης του χρόνιου αιτήματος της τακτοποίησης του ανενεργού αρχείου της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας. Τότε ολοκληρώνεται η α ́ φάση ταξινόμησης του ανενεργού αρχείου του ΥΠΠΟ και των εποπτευομένων φορέων (μετά το 1971), το οποίο είχε εγκιβωτιστεί από τη Διεύθυνση κατά τη μεταφορά της έδρας του ΥΠΠΟ από την οδό Αριστείδου στη Μπουμπουλίνας και φυλάσσεται στον υπόγειο χώρο της Ασωμάτων 11.
Το 1999 πραγματοποιούνται τουλάχιστον έξι σταδιακές μεταφορές των κιβωτίων μέρους του αρχείου από τα υπόγεια του ΕΑΜ στο κτήριο της Ασωμάτων. Το ιστορικό αρχείο των ετών 1834-1945 βρισκόταν σε σωρούς λυτών εγγράφων των οποίων η σειρά και η ακολουθία είχε διαταραχτεί. Στην κατάσταση αυτή παρελήφθη και καταγράφηκε, με αποτέλεσμα να μην είναι εφικτή η ανασύσταση της αρχικής του τάξης και του αρχειακού δεσμού. Το τμήμα του αρχείου της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας που δεν παραδόθηκε (κατάλογοι επαρχιακών μουσείων, ημερολόγια ανασκαφών, κ.ά.) εξακολουθεί να βρίσκεται στο ΕΑΜ μέχρι σήμερα.
